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1999年：九州保健福祉大学として、宮崎県延岡市と公私協力方式で社会福祉学部、保健科学部２学部６学科構成で設立。
2002年：通信教育部社会福祉学部臨床福祉学科、通信制の大学院社会福祉学研究科並びに保健科学研究科修士課程を開設。
2003年：薬学部を開設。
2004年：通信制の大学院に社会福祉学研究科並びに保健科学研究科の博士（後期）課程を開設。
2024年4月から：九州医療科学大学に名称変更。4学部5学科、通信教育部社会福祉学部、通信制の社会福祉学研究科博士（前期）課程、博士（後期）課程、保健医療学研究科博士（前期）課程、博士（後期）課程の大学院を開設。